Botanická záhrada v Nitre bola založená 1.1.1982, ako účelové zariadenie vtedajšej Vysokej školy poľnohospodárskej (VŠP). Od 1.11.2000 Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre (SPU). Zámer vybudovať záhradu s agrobotanickým charakterom a poslaním vznikol už v roku 1975. Pre tento účel bol vyčlenený pozemok o rozlohe približne 7 ha v centre vysokoškolského areálu. Plocha bola sporadicky udržiavaná, miestami iba ladom ležiaca pôda. V roku 1978 bol odborným vedením skupiny 5 pracovníkov poverený RNDr. Vladimír Řehořek, CSc., pracovník Katedry botaniky a životného prostredia. Táto skupina začala prvé práce na modelovaní terénu a výsadbe rastlín. V čase svojho vzniku táto skupina prevzala i čiastočne upravené parkové plochy v okolí hlavných budov, ktoré navrhol Ing. arch. Vladimír Dedeček, CSc.. Rozloha činila 15 ha, k dispozícii bol jeden pestovateľský skleník, ktorý slúžil na dopestovanie črepníkových kvetov a letničiek pre potrebu školy.
Vypracovaním projektu budúcej botanickej záhrady bol poverený záhradný architekt Ing. Alexander Glaus. Autor projektu sa pri samotnej tvorbe objektu a v otázke zastúpenia jednotlivých expozičných zbierok pridržiaval návrhov a požiadaviek Katedry botaniky a životného prostredia. Citlivo rešpektoval skutočnosť, že objekt botanickej záhrady je situovaný do stredu areálu univerzity, v priamej nadväznosti na jej architektúru. Zohľadňoval aj fakt, že botanická záhrada sa bude nachádzať v zastavanej časti mesta, v susedstve výstavného areálu Agrokomplex a ďalších vedeckých inštitúcií. Projekt predpokladal, že sa na vlastné jadro botanickej záhrady naviažu aj plochy pred a za komplexom budov VŠP a študentského domova.
V priebehu existencie Botanickej záhrady SPU sa zastavané územie zväčšovalo a rozširovali sa aj jej objekty. Postupne boli vybudované 2 expozičné a 4 pestovateľské skleníky ako aj ďalšie prevádzkové objekty. V roku 2001 bolo k Botanickej záhrade administratívne pričlenené Vivárium, v ktorom sú chované exotické zvieratá. V roku 2002 boli k Botanickej záhrade pričlenené plochy a výsadby tzv. Demonštračnej záhrady (Ukážkový ovocný sad a zeleninárske plochy), začiatky budovania ktorej spadajú do obdobia rokov 1982 - 85 (doc. Ing. I. Žuži, CSc.), kde sa nachádzajú bohaté zbierky úžitkových, hospodársky cenných ovocných drevín- Pomologická zbierka, vrátane genofondu starých a krajových odrôd, viniča hroznorodého - Ampelografická zbierka, plocha pre pestovanie rýchlenej aj poľnej zeleniny. Demonštračná záhrada má od roku 2023 samostatný manažment. Rozšíril sa priestor v Oddelení dekoratívnej flóry (dnešná produkčná škôlka), ktorá zabezpečuje predpestovanie letničiek a trvaliek tak pre okrasné záhony, ako aj pre obohacovanie zbierok rastlín pestovaných v prirodzených podmienkach Botanickej záhrady. Samostatné celky aktuálne tvoria Úsek ukážkových výsadieb - park, Úsek produkčná škôlka, Úsek interiérového dizajnu - skleníky, Úsek zelenej infraštruktúry a Riaditeľstvo a sekretariát. Vivárium momentálne spravuje Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov SPU v Nitre. Po roku 2010 pribudla do kompetencie manažmentu botanickej záhrady údržba areálovej zelene univerzitného kampusu.